Flere hundre år etter Caesars storhetstid har mange apesamfunn vokst fram, mens menneskene lever i skyggen. Noen apegrupper har aldri hørt om Caesar, og andre har forvrengt læren hans for å bygge egne imperier. Den unge apen Noa legger ut på en reise for å finne frihet etter at klanen hans blir tatt av apelederen Proximus Ceasar for å bruke dem som slaver i jakt på menneskelig teknologi. Noa begynner å stille spørsmål om apenes tilværelse etter at han møter en ung kvinne som viser seg å holde hemmeligheter om menneskelig teknologi. Hun blir nøkkelen til det Proximus Caesar leter etter.