Læreren Sergio flytter til en italiensk landsby med en uvanlig lykkelig stemning. Raskt blir han introdusert for lokalsamfunnets hemmelighet: en 15 år gammel gutt som tilsynelatende kan helbrede vonde følelser. The Holy Boy er bygget opp rundt menneskets behov for å skjerme seg selv fra smerte. Men hva skjer om man fjerner denne følelsen helt? Med vakkert foto og en lurende uhygge, blir du dratt inn i det som skal vise seg å bli en voldsom kamp mellom innbyggerne og innflytteren – og en ung gutts jakt på egen identitet.